În scopul consolidării ordinii constituţionale şi suveranităţii R.S.S. Moldova, a drepturilor, libertăţilor şi securităţii cetăţenilor, îmbunătăţirii interacţiunii organelor centrale de stat, Sovietul Suprem al RSS Moldova, prin Legea nr.250-XII din 3 septembrie 1990, a instituit funcţia de Preşedinte al Republicii Sovietice Socialiste Moldova.
Potrivit legii menţionate, Preşedintele R.S.S.Moldova - şeful statului, era ales de către cetăţenii republicii - pe baza dreptului electoral universal, egal şi direct, în condiţiile votării libere şi secrete - pe un termen de cinci ani.
Pe lîngă Preşedintele R.S.S.Moldova funcţiona Consiliul prezidenţial, care avea drept sarcină să elaboreze măsuri pentru realizarea principalelor direcţii ale politicii interne şi externe a statului. Preşedintele republicii emitea decrete cu caracter obligatoriu pe întreg teritoriul republicii.
Prin Hotărîrea Sovietului Suprem al R.S.S. Moldova nr.251-XII din 3 septembrie 1990, domnul Mircea Snegur a fost ales Preşedinte al R.S.S.Moldova.
Pe 23 mai 1991, denumirea statului R.S.S. Moldova a fost schimbată în Republica Moldova (Legea Sovietului Suprem al R.S.S. Moldova nr.589-XII din 23.05.1991).
În temeiul Constituţiei Republicii Moldova, Parlamentul Republicii Moldova a fixat alegerile pentru funcţia de Preşedinte al Republicii Moldova pentru 8 decembrie 1991 (Hotărîrea Parlamentului Republicii Moldova nr.722-XII din 19 septembrie 1991). Preşedinte al Republicii Moldova a fost ales domnul Mircea Snegur.
Pe 29 iulie 1994 a fost adoptată noua Constituţie a Republicii Moldova (în vigoare din 27 august 1994) şi abrogată Constituţia din 15 aprilie 1978, cu modificările şi completările ulterioare.
În ianuarie 1997, Preşedinte al Republicii Moldova a fost ales domnul Petru Lucinschi, pe un termen de 4 ani, conform art.80 din Constituţie.
Prin Legea nr.1115-XIV din 5 iulie 2000 Constituţia a fost modificată. Potrivit noii redacții a Legii Supreme, preşedintele Republicii Moldova este ales de Parlament prin vot secret.
Pe 4 aprilie 2001, prin Hotărîrea Parlamentului Republicii Moldova nr. 24-XV, a fost confirmată alegerea domnului Vladimir Voronin în funcţia de Preşedinte al Republicii Moldova.
Pe 4 aprilie 2005, Vladimir Voronin a fost reales în funcția de președinte al Republicii Moldova de către Parlament.
Din data de 11 septembrie 2009, președintele Parlamentului Republicii Moldova, Mihai Ghimpu a asigurat interimatul funcției de președinte al Republicii Moldova în urma demisiei președintelui Vladimir Voronin. Prin votul majorității deputaților a fost declarată vacantă funcția de președinte al Republicii Moldova. În conformitate cu articolul 91 al Constituției Republicii Moldova, care prevede că "interimatul funcției se asigură de președintele Parlamentului", Mihai Ghimpu a devenit președinte interimar al Republicii Moldova până la alegerea de către Parlament a noului președinte al țării.
Pe 30 decembrie 2010 președinte al Parlamentului este ales Marian Lupu, care a preluat și interimatul funcției de președinte al Republicii Moldova.
Cel de-al patrulea președinte al Republicii Moldova este Nicolae Timofti, care a fost ales de Parlament pe 16 martie 2012. Șeful statului a depus jurământul de credință pe 23 martie 2012.